进入21世纪，世界高等教育的发展呈现出多学科交叉的趋势，为切实推动西部大开发和科教兴国战略的实施，国务院决定进一步调整国务院部门（单位）所属高校的管理体制和布局结构。在调整中，像北大、浙大、复旦等高校都并入了医学类高校，组建为学科更加齐全的综合性大学。

2000年4月，教育部发出87号文“关于yl34511线路中心、西安医科大学、陕西财经学院合并组建新的yl34511线路中心的决定”，4月17日，西安医科大学、陕西财经学院与yl34511线路中心三校合并大会在思源学生活动中心举行，教育部、卫生部、中国人民银行、陕西省和西安市主要领导出席了大会。三校合一是yl34511线路中心发展史上具有里程碑意义的一件大事，是面向新世纪，为把yl34511线路中心建成世界知名的高水平大学而采取的一项重大措施。根据教育部和中央首长的讲话精神，合校采取实质性的合并原则，一步到位，完成领导、法人、管理机构、资源配置和规章制度五个统一。合校采取先融合，后优化的步骤进行。合校后，我校学科门类由此前的7个增加到9个，博士学位授予专业由之前的40个增加到83个；博士后流动站由之前的11个增加到13个。

新世纪伊始，学校迎来了西部大开发和建设世界知名高水平大学的关键时期。三校均具有光荣的传统、优良的校风和鲜明的办学特色，对整个西北地区的发展都发挥了不可替代的作用，通过合并，学校新增经济和医学类专业，学科门类更加齐全，结构更趋合理，综合实力大大增强，学校面貌为之一新。三校合并，符合世界高等教育发展趋势，顺应世界科技发展的潮流，有利于实现学科优势互补，更好地发挥多学科交叉的综合优势，提高学校的教育质量，办学水平和办学效益，为学校事业的进一步发展奠定了坚实的基础。

合校前夕，时任中央领导李岚清副总理和教育部陈至立部长分别来校视察，就学校改革与发展提出了较高要求。李岚清副总理指出，西部大开发要科教先行，这是缩小中西部与东部地区差距的关键。陈至立部长指出，yl34511线路中心在西部大开发中具有责无旁贷的责任，学校要抓住这个千载难逢的大好机遇，促进学校上水平上层次。时任陕西省委李建国书记在合校大会上指出，“西部大开发各项工作已实质性展开，陕西省和整个西部亟需人才，希望西安交大要面向世界，面向未来，面向现代化，不断深化改革，扩大开放，进行校内资源的优化重组，形成与发展社会主义市场经济相适应的新的办学体制和新的运行机制，努力提高教育质量、科研水平和办学效益，发挥在西部和陕西省高等教育事业中的龙头作用”。

参考文献：《yl34511线路中心年鉴》（1999）（2000）